Pada akhir Juli 2004, Kantor Kementerian Agama Kab. Belitung Timur baru mulai dibentuk setelah pemekaran wilayah dari Kabupaten Belitung Timur, dan dipimpin oleh Drs. H. Mukhtararuddin Malik, Kantor Kementerian Agama saat itu masih menepati gedung pinjam pakai menggunakan ruang kelas MTs Manggar, pada awal 2006 pindah menepati gedung KUA Kec. Manggar dan akhir 2007 menepati gedung baru yang beralamat di kompleks Perkantoran Terpadu Manggar. Seiring berjalannya waktu pimpinan Kepala Kantor berpindah. Pimpinan Kepala Kantor sekarang dipimpin oleh Drs. Novarianto. Saat ini Kantor Kementerian Agama Kabupaten Belitung Timur merupakan salah satu Kantor Satuan Kerja dari enam Kantor Kementerian Agama Kabupaten dalam Wilayah Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kepulauan Bangka Belitung yang garis koordinasinya berada vertikal ke Menteri Agama Republik Indonesia.